Buku ini menceritakan tentang kafe .Dona Dona berpusat di sekitar sebuah kafe kecil bernama sama, yang berlokasi di sebuah gang sempit di suatu sudut kota. Meskipun tampak seperti kafe biasa, Dona Dona memiliki keunikan yang menarik: kafe ini adalah pintu gerbang antara dunia nyata dan dunia roh. Di sini, para tamu dapat bertemu kembali dengan orang-orang yang telah meninggal dalam kehidupan mereka, menyatu kembali dengan kenangan-kenangan dan memperbaiki keputusan masa lalu.
Tokoh utama dalam novel ini adalah Hajime, seorang pemuda yang mengunjungi Dona Dona untuk pertama kalinya setelah kehilangan orang tuanya dalam sebuah kecelakaan tragis. Dengan rasa penasaran yang besar, Hajime ingin tahu apakah ada kemungkinan untuk menyatukan kembali keluarganya, atau setidaknya berbicara dengan mereka sekali lagi. Namun, ia menyadari bahwa seiring dengan kesempatan untuk bertemu orang yang telah tiada, ada pula risiko kehilangan kenangan tentang mereka. Inilah dilema yang harus dihadapi setiap tamu yang menginjakkan kaki di Dona Dona........